深圳市中医院始建于1975年，下属机构有深圳市中医药研究所、深圳市国际中医药人才培训中心、深圳市中药制剂中心。医院于1995年成为三级甲等中医医院；1998年成为广州中医药大学首家非直属附属医院；2012年成为广州中医药大学第四临床医学院，在深圳市基本医疗服务体系中医药领域中起着领头羊的作用。床位规模3000张，建筑面积52.98万平方米的光明院区已于2017年10月破土动工，建成后，医院将形成光明院区、华强院区、特色门诊部和针灸医院“一院四区”的格局，成为国际化、大型现代化综合性研究型中医院和区域性中医医疗中心。

医院现有职工1860人，其中卫生技术人员1440人，卫生技术人员中，有正高级职称214人，副高级职称255人；有享受国务院政府特殊津贴专家4人，市政府特殊津贴专家4人，国家高级师带徒专家4人，广东省名中医15人，广东省优秀中医临床人才4人，深圳市名中医15人，优秀中医10名。担任国家级学术团体主任委员1人、副主任委员13人，省级学术团体主任委员4人。医院医疗设备总值超过5亿元，拥有多台科研型MRI和CT机、DSA、一体化手术室、手术机器人、3D腹腔镜、四维高端彩超等高精尖医疗设备。目前医院年门诊量200万余人次，开放床位近1000张，年出院病人3.1万余人次，已成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型综合性三级甲等中医医院。

医院重视中医内涵建设，已形成国家、省、市重点专科梯队，现有卫计委国家临床重点专科2个（肝病科、肾病科）；国家中医药重点学科2个（中医肝胆病学、中医肾病学）；国家中医重点专科3个（肝病科、肾病科、针灸科），国家中医重点专科建设单位3个（脾胃专科、内分泌专科、神志专科）；省中医名科4个；省中医重点专科9个；省中医重点专科建设项目3个；深圳市优势医学重点学科1个，深圳市医学重点学科2个；市中医特色专科19个。

医院坚持“科教兴院”战略，拥有国家中医药管理局中医药科研三级实验室——临床细胞分子生物学实验室、国家药物临床实验基地（获认定8个专业）、中华中医药学会临床药师培训基地、国家区域中医（专科）诊疗中心（肝病科）、深圳市民生重点实验室——针灸现代应用研究实验室，入选国家中医药传承创新工程备选项目。在研课题160余项，医院牵头承担“十一五”、“十二五”、“十三五”科技重大专项各1项；国家自然科学基金科研课题30项，国家中医药管理局科研课题20项；广东省自然科学基金科研课题14项，广东省科技计划项目10项，获得国家省市科技进步奖20余项。

医院先后成为广州中医药大学博士后科研流动站研究基地，广东省和深圳市“博士后创新实践基地”、“广东省联合培养研究生示范基地”、国家“博士后科研工作站”，现有18位博士生导师、64位硕士生导师，有36个临床教研室，已形成博士、硕士、本科多层次的教学体系。在对外交流方面，医院先后与美国Thomas Jefferson 大学、德国Medical Park康复医院建立协作关系，与香港中文大学中医学院、香港浸会大学中医学院、香港执业中医师学会、香港中医学会会立中医学院、香港国际针灸学院等建立了固定的教学协作及学术交流关系；医院有20多个专业学术团体挂靠医院成立。

医院非常重视加强中医药文化建设，开展中医“固本强基”工程，培养铁杆中医，树立"心中有爱，服务有情"的服务理念和"大医精诚，悬壶济世"的医德观，形成和谐的工作氛围，医院先后被授予“国家示范中医院”、“广东省示范中医院”、“广东省百家文明医院”、“广东省文明中医院”、“广东中医药强省项目中医名院”、“全国中医医院中医药文化建设示范单位”及“全国卫生文化先进单位”、“全国中医药系统创先争优先进集体”、“全国模范职工之家”、“广东省五一劳动奖状”、“广东省先进集体”、 国家中医药管理局传统医药国际交流中心合作基地等称号。多次在广东省组织的医院满意度和医德医风测评中名列前茅，被媒体誉为“医德医风好，医疗质量高，医疗费用相对低廉，是市民信得过医院”。